福建醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院始建于1881年，原名“惠世醫(yī)院”，系英國基督教長老會創(chuàng)辦。1973年整建制劃歸福建醫(yī)科大學，更名為福建醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院。醫(yī)院是福建省首批通過衛(wèi)生部評審的三級甲等綜合醫(yī)院之一，是我省主要的醫(yī)療、教學、科研、畢業(yè)后教育基地之一，是博士、碩士研究生學位授權點單位、國家級博士后科研工作站。是國家省級區(qū)域醫(yī)療中心、福建省呼吸醫(yī)學中心。在全國三級公立醫(yī)院績效考核評價中三次進入全國前10％，等級A+。醫(yī)院榮獲第六屆“全國文明單位”榮譽稱號。

醫(yī)院設鯉城和東海兩個院區(qū)，鯉城院區(qū)占地24.57畝，東海院區(qū)占地322.6畝；醫(yī)院編制床位2000張，年門急診量近180萬人次，住院量近9萬人次，年住院手術近8萬臺次?，F(xiàn)有員工3100余人，其中正、副高職稱439人，博、碩士725人，醫(yī)師中具有博士、碩士研究生學歷占總數(shù)75％，博士生導師23人，碩士生導師149人，教授、副教授146人。在國際學會任理事、委員等學術任職2人，國家級學（協(xié)）會委員以上學術任職90人次、省級學（協(xié)）會副主任委員以上學術任職43人次。

醫(yī)院歷來以外科技術精湛著稱，上世紀四、五十年代率先在泉州地區(qū)開展大、中型外科手術，并為泉州地區(qū)培養(yǎng)了大批醫(yī)學骨干力量。近年來，醫(yī)院學科建設取得長足發(fā)展，呼吸與危重癥醫(yī)學科、普通外科、眼科等3個?？票涣腥雵遗R床重點專科，擁有福建省呼吸醫(yī)學中心、免疫學和變態(tài)反應專業(yè)、皮膚病專業(yè)、超聲診斷專業(yè)、腫瘤科（中西醫(yī)結合）、普通外科、麻醉科、內(nèi)分泌科、眼科、臨床護理、泌尿外科、消化內(nèi)科、檢驗科、臨床藥學、心血管內(nèi)科、神經(jīng)外科、重癥醫(yī)學科等17個省級臨床重點?？?。

醫(yī)院獲頒國家人力資源和社會保障部博士后科研工作站，是國家藥物臨床試驗機構，與美國Salus大學合作成立國際聯(lián)合低視力康復教育中心，入選全國首批?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓基地、中國醫(yī)師協(xié)會呼吸內(nèi)鏡醫(yī)師培訓基地、國家呼吸臨床研究中心核心成員單位、福建省呼吸系統(tǒng)疾病介入診療臨床醫(yī)學研究中心，獲全國首批PCCM科規(guī)范化建設三級醫(yī)院優(yōu)秀單位，承擔“省域重大疾病診療能力提升項目（肺癌綜合診療）”。是中國輔助技術研究所視障輔助技術研究中心、福建省低視力康復指導組、福建省視障康復技術指導中心；獲國家級皮膚醫(yī)療美容示范基地、國家心血管疾病診療質(zhì)量監(jiān)測基地、國家心肺預防與康復協(xié)作網(wǎng)示范中心、中國心衰中心認證單位、全國臨床藥師培訓基地、國家衛(wèi)生計生委腦卒中篩查與防治基地、中國卒中學會綜合卒中中心、國家衛(wèi)計委腦防委高級卒中中心、中國胸痛中心認證成員單位、中國肺癌聯(lián)盟肺結節(jié)診治分中心、國家標準化代謝性疾病管理中心、中國糖網(wǎng)篩防中心、骨質(zhì)疏松癥防治合作基地、國家痛風規(guī)范診治中心、骨科機器人遠程手術中心創(chuàng)建單位、全國靜脈血栓防治中心優(yōu)秀單位、全國出生缺陷防治人才培訓項目培訓協(xié)同單位、國家藥品不良反應中心哨點醫(yī)院、中華醫(yī)學會骨密度測量質(zhì)量控制合格認證單位等，人類生殖輔助技術IVF通過國家資質(zhì)評審，是中國婦幼保健協(xié)會“母嬰友好醫(yī)院”、福建省產(chǎn)前診斷中心、福建省危重癥孕產(chǎn)婦轉(zhuǎn)診救治網(wǎng)絡醫(yī)院、泉州市疑難急危重癥和孕產(chǎn)婦搶救中心等。

醫(yī)院作為福建醫(yī)科大學第二臨床醫(yī)學院、國家級住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地和省級醫(yī)學繼續(xù)教育基地之一，設有14個專業(yè)國家級住培基地、1個國家級專培基地、25個醫(yī)學教研室。醫(yī)院依托睡眠醫(yī)學省高校重點實驗室、視障輔助技術福建省高校工程研究中心、福建省肺干細胞重點實驗室、福建省呼吸系統(tǒng)疾病介入診療臨床醫(yī)學研究中心、泉州市惡性腫瘤臨床研究中心、神經(jīng)調(diào)控代謝性疾病研究中心、臨床醫(yī)學研究中心、臨床分子診治研發(fā)中心、干細胞實驗室和中心實驗室，大力開展醫(yī)學科學研究?！笆濉币詠?，獲各級科研課題立項770項，承擔國家級項目課題7項，獲科技成果獎33項，其中省部級科技成果獎6項。

醫(yī)院在全省率先引進“天璣”智能骨科手術機器人，擁有PET/CT、雙源CT、128排高端CT、3.0磁共振（MRI）、單光子發(fā)射計算機斷層掃描儀（SP-ECT）、直線加速器（LA）、放射治療后裝機、三維定向經(jīng)皮穿刺導航機器人、數(shù)字減影血管造影機（DSA）、高端手術顯微鏡、支氣管導航系統(tǒng)、術中導航超聲儀、高端多普勒超聲儀等先進醫(yī)療設備。醫(yī)院有層流凈化、數(shù)字一體化、現(xiàn)代化手術室，設置有百級數(shù)字化手術室系統(tǒng)。

醫(yī)院高度重視與國內(nèi)外的學術交流，與美國紐約大學、日本山梨醫(yī)科大學、日本鹿兒島大學、荷蘭自由大學、臺灣長庚科技大學、英國皇家國立骨科醫(yī)院、美國加州大學、新西蘭奧塔哥大學、美國希望之城醫(yī)院、美國紐約西奈山呼研所、意大利米蘭大學等機構及學者建立了合作關系，聘任數(shù)十名國內(nèi)外專家作為醫(yī)院客座教授、特聘教授、高級專家。

醫(yī)院獲全國文明單位、全國醫(yī)院文化建設先進單位、全國醫(yī)院新冠肺炎疫情防治黨建先進團隊、中國醫(yī)院科學抗疫創(chuàng)新團隊、全國改善醫(yī)療服務創(chuàng)新醫(yī)院、福建省五一勞動獎狀、福建省平安醫(yī)院、泉州市級平安單位、泉州市十佳工匠精神企業(yè)（單位）等榮譽。