福建醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院始建于1881年，原名“惠世醫(yī)院”，系英國(guó)基督教長(zhǎng)老會(huì)創(chuàng)辦。1973年整建制劃歸福建醫(yī)科大學(xué)，更名為福建醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院。醫(yī)院是福建省首批通過(guò)衛(wèi)生部評(píng)審的三級(jí)甲等綜合醫(yī)院之一，是我省主要的醫(yī)療、教學(xué)、科研、畢業(yè)后教育基地之一，是博士、碩士研究生學(xué)位授權(quán)點(diǎn)單位、國(guó)家級(jí)博士后科研工作站。是國(guó)家省級(jí)區(qū)域醫(yī)療中心、福建省呼吸醫(yī)學(xué)中心。在全國(guó)三級(jí)公立醫(yī)院績(jī)效考核評(píng)價(jià)中三次進(jìn)入全國(guó)前10％，等級(jí)A+。醫(yī)院榮獲第六屆“全國(guó)文明單位”榮譽(yù)稱號(hào)。

醫(yī)院設(shè)鯉城和東海兩個(gè)院區(qū)，鯉城院區(qū)占地24.57畝，東海院區(qū)占地322.6畝；醫(yī)院編制床位2000張，年門急診量近180萬(wàn)人次，住院量近9萬(wàn)人次，年住院手術(shù)近8萬(wàn)臺(tái)次?，F(xiàn)有員工3100余人，其中正、副高職稱439人，博、碩士725人，醫(yī)師中具有博士、碩士研究生學(xué)歷占總數(shù)75％，博士生導(dǎo)師23人，碩士生導(dǎo)師149人，教授、副教授146人。在國(guó)際學(xué)會(huì)任理事、委員等學(xué)術(shù)任職2人，國(guó)家級(jí)學(xué)（協(xié)）會(huì)委員以上學(xué)術(shù)任職90人次、省級(jí)學(xué)（協(xié)）會(huì)副主任委員以上學(xué)術(shù)任職43人次。

醫(yī)院歷來(lái)以外科技術(shù)精湛著稱，上世紀(jì)四、五十年代率先在泉州地區(qū)開(kāi)展大、中型外科手術(shù)，并為泉州地區(qū)培養(yǎng)了大批醫(yī)學(xué)骨干力量。近年來(lái)，醫(yī)院學(xué)科建設(shè)取得長(zhǎng)足發(fā)展，呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科、普通外科、眼科等3個(gè)?？票涣腥雵?guó)家臨床重點(diǎn)?？?，擁有福建省呼吸醫(yī)學(xué)中心、免疫學(xué)和變態(tài)反應(yīng)專業(yè)、皮膚病專業(yè)、超聲診斷專業(yè)、腫瘤科（中西醫(yī)結(jié)合）、普通外科、麻醉科、內(nèi)分泌科、眼科、臨床護(hù)理、泌尿外科、消化內(nèi)科、檢驗(yàn)科、臨床藥學(xué)、心血管內(nèi)科、神經(jīng)外科、重癥醫(yī)學(xué)科等17個(gè)省級(jí)臨床重點(diǎn)?？?。

醫(yī)院獲頒國(guó)家人力資源和社會(huì)保障部博士后科研工作站，是國(guó)家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)，與美國(guó)Salus大學(xué)合作成立國(guó)際聯(lián)合低視力康復(fù)教育中心，入選全國(guó)首批?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地、中國(guó)醫(yī)師協(xié)會(huì)呼吸內(nèi)鏡醫(yī)師培訓(xùn)基地、國(guó)家呼吸臨床研究中心核心成員單位、福建省呼吸系統(tǒng)疾病介入診療臨床醫(yī)學(xué)研究中心，獲全國(guó)首批PCCM科規(guī)范化建設(shè)三級(jí)醫(yī)院優(yōu)秀單位，承擔(dān)“省域重大疾病診療能力提升項(xiàng)目（肺癌綜合診療）”。是中國(guó)輔助技術(shù)研究所視障輔助技術(shù)研究中心、福建省低視力康復(fù)指導(dǎo)組、福建省視障康復(fù)技術(shù)指導(dǎo)中心；獲國(guó)家級(jí)皮膚醫(yī)療美容示范基地、國(guó)家心血管疾病診療質(zhì)量監(jiān)測(cè)基地、國(guó)家心肺預(yù)防與康復(fù)協(xié)作網(wǎng)示范中心、中國(guó)心衰中心認(rèn)證單位、全國(guó)臨床藥師培訓(xùn)基地、國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委腦卒中篩查與防治基地、中國(guó)卒中學(xué)會(huì)綜合卒中中心、國(guó)家衛(wèi)計(jì)委腦防委高級(jí)卒中中心、中國(guó)胸痛中心認(rèn)證成員單位、中國(guó)肺癌聯(lián)盟肺結(jié)節(jié)診治分中心、國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)化代謝性疾病管理中心、中國(guó)糖網(wǎng)篩防中心、骨質(zhì)疏松癥防治合作基地、國(guó)家痛風(fēng)規(guī)范診治中心、骨科機(jī)器人遠(yuǎn)程手術(shù)中心創(chuàng)建單位、全國(guó)靜脈血栓防治中心優(yōu)秀單位、全國(guó)出生缺陷防治人才培訓(xùn)項(xiàng)目培訓(xùn)協(xié)同單位、國(guó)家藥品不良反應(yīng)中心哨點(diǎn)醫(yī)院、中華醫(yī)學(xué)會(huì)骨密度測(cè)量質(zhì)量控制合格認(rèn)證單位等，人類生殖輔助技術(shù)IVF通過(guò)國(guó)家資質(zhì)評(píng)審，是中國(guó)婦幼保健協(xié)會(huì)“母嬰友好醫(yī)院”、福建省產(chǎn)前診斷中心、福建省危重癥孕產(chǎn)婦轉(zhuǎn)診救治網(wǎng)絡(luò)醫(yī)院、泉州市疑難急危重癥和孕產(chǎn)婦搶救中心等。

醫(yī)院作為福建醫(yī)科大學(xué)第二臨床醫(yī)學(xué)院、國(guó)家級(jí)住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地和省級(jí)醫(yī)學(xué)繼續(xù)教育基地之一，設(shè)有14個(gè)專業(yè)國(guó)家級(jí)住培基地、1個(gè)國(guó)家級(jí)專培基地、25個(gè)醫(yī)學(xué)教研室。醫(yī)院依托睡眠醫(yī)學(xué)省高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、視障輔助技術(shù)福建省高校工程研究中心、福建省肺干細(xì)胞重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、福建省呼吸系統(tǒng)疾病介入診療臨床醫(yī)學(xué)研究中心、泉州市惡性腫瘤臨床研究中心、神經(jīng)調(diào)控代謝性疾病研究中心、臨床醫(yī)學(xué)研究中心、臨床分子診治研發(fā)中心、干細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室和中心實(shí)驗(yàn)室，大力開(kāi)展醫(yī)學(xué)科學(xué)研究。“十三五”以來(lái)，獲各級(jí)科研課題立項(xiàng)770項(xiàng)，承擔(dān)國(guó)家級(jí)項(xiàng)目課題7項(xiàng)，獲科技成果獎(jiǎng)33項(xiàng)，其中省部級(jí)科技成果獎(jiǎng)6項(xiàng)。

醫(yī)院在全省率先引進(jìn)“天璣”智能骨科手術(shù)機(jī)器人，擁有PET/CT、雙源CT、128排高端CT、3.0磁共振（MRI）、單光子發(fā)射計(jì)算機(jī)斷層掃描儀（SP-ECT）、直線加速器（LA）、放射治療后裝機(jī)、三維定向經(jīng)皮穿刺導(dǎo)航機(jī)器人、數(shù)字減影血管造影機(jī)（DSA）、高端手術(shù)顯微鏡、支氣管導(dǎo)航系統(tǒng)、術(shù)中導(dǎo)航超聲儀、高端多普勒超聲儀等先進(jìn)醫(yī)療設(shè)備。醫(yī)院有層流凈化、數(shù)字一體化、現(xiàn)代化手術(shù)室，設(shè)置有百級(jí)數(shù)字化手術(shù)室系統(tǒng)。

醫(yī)院高度重視與國(guó)內(nèi)外的學(xué)術(shù)交流，與美國(guó)紐約大學(xué)、日本山梨醫(yī)科大學(xué)、日本鹿兒島大學(xué)、荷蘭自由大學(xué)、臺(tái)灣長(zhǎng)庚科技大學(xué)、英國(guó)皇家國(guó)立骨科醫(yī)院、美國(guó)加州大學(xué)、新西蘭奧塔哥大學(xué)、美國(guó)希望之城醫(yī)院、美國(guó)紐約西奈山呼研所、意大利米蘭大學(xué)等機(jī)構(gòu)及學(xué)者建立了合作關(guān)系，聘任數(shù)十名國(guó)內(nèi)外專家作為醫(yī)院客座教授、特聘教授、高級(jí)專家。

醫(yī)院獲全國(guó)文明單位、全國(guó)醫(yī)院文化建設(shè)先進(jìn)單位、全國(guó)醫(yī)院新冠肺炎疫情防治黨建先進(jìn)團(tuán)隊(duì)、中國(guó)醫(yī)院科學(xué)抗疫創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)、全國(guó)改善醫(yī)療服務(wù)創(chuàng)新醫(yī)院、福建省五一勞動(dòng)獎(jiǎng)狀、福建省平安醫(yī)院、泉州市級(jí)平安單位、泉州市十佳工匠精神企業(yè)（單位）等榮譽(yù)。