南通市第三人民醫(yī)院院始建于1962年，前身為南通市傳染病防治院。目前已發(fā)展成為集醫(yī)教研于一體的三級甲等醫(yī)院，南通大學附屬南通第三醫(yī)院，南京中醫(yī)藥大學南通中西醫(yī)結合臨床醫(yī)學院，全國綜合醫(yī)院中醫(yī)藥工作示范單位、國家級住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地，附設南通市肝病研究所、皮膚病研究所。
醫(yī)院目前編制床位1000張，實際開放床位近1200張，擴建工程二期項目完成后，開放床位將達1600張?，F(xiàn)有職工1300余人，占地面積51682平方米，建筑面積近7萬平方米。設有2個門診部、49個臨床醫(yī)技科室、3個緊密型醫(yī)聯(lián)體，3個社區(qū)衛(wèi)生服務站。擁有省級臨床重點?？?個，2個市級臨床醫(yī)學中心，9個市級醫(yī)學重點學科，1個市級臨床醫(yī)學創(chuàng)新團隊，25個市級臨床重點專科，12個基層特色孵化中心。傳染病學連續(xù)3年進入中國醫(yī)院科技量值排行榜100強。2017年牽頭組建南通市傳染病防治聯(lián)盟、2017-2019年作為主要發(fā)起單位組建江蘇省肝健康聯(lián)盟、傳染病專科聯(lián)盟，成為長三角傳染病防治創(chuàng)新醫(yī)院聯(lián)盟核心成員單位，2019年建成復旦大學附屬華山醫(yī)院感染病國家重點學科南通基地。2020年成為中國公共衛(wèi)生聯(lián)盟成員單位。
醫(yī)院成功實踐“以?？茷橹攸c、綜合學科協(xié)調發(fā)展”的?？漆t(yī)院建設創(chuàng)新理論，同時創(chuàng)建全國首家政府命名的“無紅包醫(yī)院”并保持20余年如一日。2007年又在全國率先創(chuàng)建以“醫(yī)德高尚、醫(yī)術精湛、醫(yī)患和諧、醫(yī)境優(yōu)美、醫(yī)文醇厚”為目標的“白求恩式醫(yī)院”取得明顯成效。先后獲“全國文明單位”“全國職工職業(yè)道德建設十佳單位”“全國先進基層黨組織”“全國五一勞動獎狀”“全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體”“全國醫(yī)德建設先進集體”“全國衛(wèi)生系統(tǒng)思想政治工作先進單位”等多項國家級榮譽，成為衛(wèi)生系統(tǒng)職業(yè)道德建設的一面旗幟。