江蘇省血吸蟲病防治研究所成立于1950年7月，1959年12月中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院江蘇分院寄生蟲病研究所并入本所，啟用“江蘇省寄生蟲病防治研究所”稱謂，實(shí)行“一套班子兩塊牌子”管理，為省屬公益一類事業(yè)單位，主要承擔(dān)全省血吸蟲病、寄生蟲病防治及突發(fā)事件應(yīng)急處理、醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)和應(yīng)用技術(shù)研究、科技情報信息服務(wù)、技術(shù)培訓(xùn)與科學(xué)普及等職能。作為全省血吸蟲病和寄生蟲病的防治、科研和培訓(xùn)的技術(shù)指導(dǎo)中心，長期以來，在指導(dǎo)開展全省血吸蟲、寄生蟲病防治工作的同時，研究所致力于防治策略及適宜技術(shù)的研究和推廣。
2021年起，所內(nèi)設(shè)置血吸蟲病室、瘧疾室、絲蠕蟲病室、信息（健教）中心、全球衛(wèi)生中心（援外項(xiàng)目辦公室）、編輯部、門診部、中心實(shí)驗(yàn)室、辦公室、組織人事科、財務(wù)科、紀(jì)檢辦公室、科教科、行政（安保）科和培訓(xùn)服務(wù)中心共15個科室和2個科研創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)。在職職工117人，其中專業(yè)技術(shù)人員105人，高級職稱45人，博士14人，碩士57人。離休干部2人，退休職工102人。
研究所為全國首批碩士學(xué)位授予點(diǎn)，同時也是國家博士后科研工作站、江蘇省科普教育基地。建有“國家衛(wèi)生健康委寄生蟲病預(yù)防與控制技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”、“江蘇省寄生蟲與媒介控制技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”、“江蘇省醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科（醫(yī)學(xué)寄生蟲學(xué)）”和“江蘇省寄生蟲病科普館”。與江南大學(xué)無錫醫(yī)學(xué)院聯(lián)合共建“江南大學(xué)公共衛(wèi)生研究中心”，與南京醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院合作共建熱帶病研究中心，聯(lián)合培養(yǎng)醫(yī)學(xué)碩士留學(xué)生。2016年10月，研究所認(rèn)定為“世界衛(wèi)生組織消除瘧疾研究與培訓(xùn)合作中心”，成為全球瘧疾消除專業(yè)人才培養(yǎng)、學(xué)術(shù)研討和經(jīng)驗(yàn)交流的平臺。累計(jì)為國家培養(yǎng)碩士研究生90名，已有5名博士后進(jìn)站開展研究工作并順利出站。近五年來承擔(dān)國家、部省級51項(xiàng)課題，獲科研成果22項(xiàng)，獲得國家專利54項(xiàng)。共發(fā)表論文228篇，其中SCI論文82篇，影響因子最高達(dá)72.406。
主辦的《中國血吸蟲病防治雜志》創(chuàng)刊于1989年，系我國唯一一本有關(guān)血吸蟲病和血吸蟲學(xué)研究的專業(yè)科技期刊，為中華預(yù)防醫(yī)學(xué)會系列雜志。目前被Medline/Pubmed、化學(xué)文摘（CA）、Scopus、Embase、JSTChina、Ebsco等國際重要數(shù)據(jù)庫檢索，同時被包括中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫核心庫（C）、《中文核心期刊要目總覽》、中國科技核心期刊等國內(nèi)重要數(shù)據(jù)庫收錄。曾獲國家期刊獎提名獎、中國精品科技期刊等榮譽(yù)。
研究所建所伊始就開展國際交流與合作，1953年前蘇聯(lián)寄生蟲病專家彼德里西娃來所學(xué)術(shù)訪問，揭開了對外交流的序幕。曾于1988年和1992年兩次獲世界衛(wèi)生組織/熱帶病特別規(guī)劃署（WHO/TDR）機(jī)構(gòu)加強(qiáng)資助，對研究所的發(fā)展和人才培養(yǎng)發(fā)揮了重要作用。先后與15個國家和地區(qū)的60余所國際知名高校和研究機(jī)構(gòu)開展科研合作與交流。2002年起被商務(wù)部認(rèn)定為援外培訓(xùn)定點(diǎn)單位，開展熱帶病防治援外技術(shù)培訓(xùn)。先后承擔(dān)血吸蟲病、瘧疾以及其他傳染病為主題的各類援外培訓(xùn)班64期，培訓(xùn)來自亞洲、非洲、南美洲等70多個發(fā)展中國家的1955名衛(wèi)生官員和專業(yè)技術(shù)人員。2017年起，為積極落實(shí)國家中非公共衛(wèi)生合作計(jì)劃，受商務(wù)部委托代表國家實(shí)施援助桑給巴爾血吸蟲病防治技術(shù)合作項(xiàng)目，推廣我國血防工作經(jīng)驗(yàn)，為我國公共衛(wèi)生援外探索相關(guān)工作模式。2020年首輪項(xiàng)目結(jié)束并取得圓滿成功。
研究所先后獲“江蘇省文明單位”、“江蘇省園林式單位”、“全國地方病防治文明單位”、“全國血防先進(jìn)集體”、“全國瘧防先進(jìn)集體”、“全國絲蟲病防治先進(jìn)集體”、“江蘇省衛(wèi)生系統(tǒng)先進(jìn)集體”、“江蘇省愛國衛(wèi)生先進(jìn)集體”、“江蘇省優(yōu)秀科普教育基地”、“江蘇省科技創(chuàng)新發(fā)展先進(jìn)單位”等多項(xiàng)榮譽(yù)稱號。