云南大學附屬醫(yī)院始建于1928年，原名萬國紅十字會昆明分會醫(yī)院，1938年抗戰(zhàn)期間作為南遷來昆的上海同濟大學醫(yī)學部教學醫(yī)院，1945年春，改建為昆明市紅十字醫(yī)院，1962年更名為昆明市第三人民醫(yī)院，1969年，醫(yī)院整體搬遷至曲靖，更名為8511醫(yī)院，1973年，在昆明重建昆明市第三人民醫(yī)院，1975年，更名為云南省腫瘤醫(yī)院（籌備組），1979年更名為云南省紅十字會醫(yī)院，1996年經(jīng)云南省衛(wèi)生廳批準更名為云南省第二人民醫(yī)院，2020年經(jīng)中共云南省委機構編制委員會辦公室批準，劃歸云南大學管理，為云南大學直屬附屬醫(yī)院，更名為云南大學附屬醫(yī)院（云南省第二人民醫(yī)院、云南省眼科醫(yī)院）。
醫(yī)院占地面積52畝，編制病床1158張，現(xiàn)有教醫(yī)護職工2200余人，高級衛(wèi)生技術人員200余人；學科設置齊全，共有47個臨床醫(yī)技科室、30個行政職能科室。
醫(yī)院現(xiàn)有普通外科、康復醫(yī)學科2個國家臨床重點?？疲?個云南省臨床重點?？疲?個省級臨床醫(yī)學中心建設項目，2個省級臨床重點?？婆嘤椖?，2個省院共建臨床重點?？疲会t(yī)院是國家藥物臨床試驗機構，目前有5個國家級培訓基地；4個云南省醫(yī)療質(zhì)量控制中心；8個云南省專家工作站；8個省級臨床中心和基地；云南省急診急救?？谱o士培訓基地。
醫(yī)院承擔臨床醫(yī)學專業(yè)本科、碩士及博士三個層次的教學任務，現(xiàn)有博士生導師6名，碩士生導師61名。擔任全國高等醫(yī)學院校國家“十一五”、“十二五”五年制醫(yī)學本科規(guī)劃教材《傳染病學》第七、八、九版、“十三五”國家衛(wèi)生計生委全國高等醫(yī)學院校英文版教材《InfectiousDiseases》第二版及《外科學》編委。
醫(yī)院近10年來承擔了國家“十二五”、“十三五”國家科技重大專項2項，國家自然科學基金23項，省級科研項目155項?，F(xiàn)有3個云南省科技創(chuàng)新團隊，1個云南省重點實驗室和云南省眼部疾病臨床醫(yī)學中心，5個云南省醫(yī)療衛(wèi)生單位內(nèi)設機構；現(xiàn)有云南省中青年學術技術帶頭人10人，云南省醫(yī)學領軍人才5人，云南省醫(yī)學學科帶頭人8人，云南省醫(yī)學后備人才17人。
醫(yī)院秉承“人道、博愛、奉獻”的傳統(tǒng)，以“關愛生命，患者至上”為醫(yī)院的宗旨和核心價值追求，定位于“服務優(yōu)質(zhì)、特色鮮明、專長突出、綜合全面”，歷經(jīng)90年的風雨歷程，現(xiàn)已成為一所集醫(yī)療、教學、科研、健康保健為一體的省級現(xiàn)代化三級甲等綜合醫(yī)院。