四川省中醫(yī)藥科學院集中醫(yī)藥科研攻關、成果轉(zhuǎn)化、臨床醫(yī)療、產(chǎn)業(yè)推進、高端智庫服務于一體，是四川實施國家中醫(yī)藥綜合改革示范區(qū)建設、推動中醫(yī)藥強省的科技力量省級隊，國內(nèi)建院最早、學科最全、規(guī)模最大的中醫(yī)藥綜合性科研機構(gòu)。
四川省中醫(yī)藥科學院的前身是，包括國藥研究在內(nèi)的原國民政府工商部中央工業(yè)實驗所，1930年在南京水西門成立。1937年11月，抗戰(zhàn)烽火中內(nèi)遷重慶，更名為重慶工業(yè)試驗所。1956年，更名為重慶科學實驗所，1957年、1958年先后更名為西南中藥研究所、四川省中藥研究所。1958-1961年，成為中國科學院四川分院中醫(yī)中藥研究所。1963-2006年，定名為四川省中藥研究所，1987-1990年間，加掛四川省中醫(yī)藥研究院中藥研究所。1984年，成都中醫(yī)藥研究院成立，1985年更名為四川省中醫(yī)藥研究院，為全國六大中醫(yī)藥研究基地之一。1997年，四川省中藥研究所由重慶搬遷至成都。2006年四川省中醫(yī)藥研究院和四川省中藥研究所合并，成立四川省中醫(yī)藥研究院（四川省中藥研究所）。2007年，更名為四川省中醫(yī)藥科學院（四川省中藥研究所）。
全院設置黨政辦等8個職能處室、中醫(yī)藥臨床基礎與文獻信息研究所等7個業(yè)務所（中心），下屬獨立核算的四川省中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院、四川省第二中醫(yī)醫(yī)院、四川省中醫(yī)藥轉(zhuǎn)化醫(yī)學中心三個法人單位。代管世界中醫(yī)藥聯(lián)合會中藥新藥創(chuàng)制專委會、四川省藥理學會等學術團體和《中藥藥理與臨床》雜志。建有四川省博士后科研工作站、四川省博士后創(chuàng)新實踐基地，與西南醫(yī)科大學等高校聯(lián)合申報中醫(yī)藥碩士授位點3個。
全院現(xiàn)有干部職工1724人，其中享受國務院政府特殊津貼專家26人，中組部西部之光訪問學者4人，天府青城、峨眉計劃專家9人，中醫(yī)藥院士后備人才3人，四川省有突出貢獻的優(yōu)秀專家12人，省學術和技術帶頭人及后備人選35人，四川省十大名中醫(yī)2人，四川省名中醫(yī)38人，全國老中醫(yī)藥專家學術經(jīng)驗繼承工作指導老師7人，四川省衛(wèi)生健康首席專家2人、領軍人才7人，四川省衛(wèi)健委突出貢獻專家3人，四川省中醫(yī)藥管理局學術和技術帶頭人44人。
突出科研鏈條化，建有國家中醫(yī)藥管理局、省級中醫(yī)藥科研重點平臺，推進大批國家和省級中醫(yī)藥重大科研成果面世，連年獲得國家、省級科技進步一、二、三等獎。研制青蒿片、免疫抑制劑火把花根片川射干總黃酮及其制劑咽喉康膠囊、抗類風濕性關節(jié)炎藏藥然降多吉膠囊等具有國際水準的創(chuàng)新中藥60余個，其中毒素中藥熱毒平膠囊、川產(chǎn)紫杉醇原料藥及其注射液是國內(nèi)首個抗內(nèi)新藥，風濕平膠囊（昆仙膠囊）獲得“九五”國家重點科技攻關計劃科技成果獎。主持四川省第三次、全國第四次中藥資源普查工作，探明四川中藥資源數(shù)量9035種，川產(chǎn)道地藥材86種，數(shù)量居全國第一。建成國家基本藥物所需中藥材種子種苗繁育四川基地與四川廣安基地，建立四川省級中藥資源動態(tài)監(jiān)測與技術服務中心和動態(tài)監(jiān)測站，構(gòu)建省級中藥材溯源體系、種植規(guī)范化體系、標準化體系?？鐓^(qū)域、省際推動成果轉(zhuǎn)化，加強院企合作，建立產(chǎn)業(yè)技術分院，加大科研鏈條化、系列化、品牌化集成，推動內(nèi)江、烏蒙山等地產(chǎn)業(yè)化轉(zhuǎn)化。推進國際合作，提升川派中醫(yī)藥國際影響力。以“三名”建設，推動科研型醫(yī)院打造，兩家“三甲”醫(yī)院建成國家級重點學科2個、重點?？?個。
站在新發(fā)展新起點，“促進中醫(yī)藥傳承創(chuàng)新發(fā)展”“加大科技創(chuàng)新”，堅持科技創(chuàng)新“四個面向”，全面貫徹黨的二十大精神，深入落實四川省委、省政府作出中醫(yī)藥強省戰(zhàn)略推進的新部署，四川省中醫(yī)藥科學院抓改革、強團隊、建智庫，實施“十四五”戰(zhàn)略，瞄準“一年夯基、兩年見效、三年提質(zhì)、四年跨越”“四步走”目標，推進“三年攻堅行動”，為寫好中國式現(xiàn)代化四川篇章積極貢獻科學院力量！