河南省疾病預(yù)防控制中心前身為省衛(wèi)生防疫站，成立于1953年。2003年11月，經(jīng)省機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)批準(zhǔn)，撤并省衛(wèi)生防疫站、省結(jié)核病防治研究所組建成立省疾病預(yù)防控制中心，核定編制470人，規(guī)格副廳級(jí)，經(jīng)費(fèi)實(shí)行全額預(yù)算管理。2006年2月，整體搬遷至鄭東新區(qū)，占地80畝，總建筑面積34190平方米。其中，擁有生物實(shí)驗(yàn)室8427平方米；毒理實(shí)驗(yàn)室3853平方米；理化實(shí)驗(yàn)室5025平方米。

2017年編制調(diào)整為454人，現(xiàn)有在職職工413人。其中專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員363人，博士18人，碩士171人。高級(jí)職稱(chēng)人員117人，其中二級(jí)正高2人。擁有全國(guó)勞動(dòng)模范2人，享受?chē)?guó)務(wù)院特殊津貼12人，省政府特殊津貼1人，省五一勞動(dòng)獎(jiǎng)?wù)?人，省管優(yōu)秀專(zhuān)家6人，跨世紀(jì)學(xué)術(shù)和技術(shù)帶頭人12人。

設(shè)立9個(gè)業(yè)務(wù)所（中心）、6個(gè)職能處室、13個(gè)直屬科室。擁有各類(lèi)儀器設(shè)備總價(jià)值1.56億元，達(dá)到國(guó)內(nèi)一流水平。通過(guò)國(guó)家認(rèn)可委的認(rèn)可和原衛(wèi)生部的計(jì)量認(rèn)證，認(rèn)證認(rèn)可項(xiàng)目達(dá)976項(xiàng)，被商務(wù)部第一批授予“定點(diǎn)食品安全檢測(cè)機(jī)構(gòu)”，2014年獲國(guó)家食品藥品監(jiān)督管理局“保健食品注冊(cè)檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)”資質(zhì)認(rèn)可，被原國(guó)家衛(wèi)計(jì)委授予“國(guó)家食品安全風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)河南中心”。目前已經(jīng)獲5項(xiàng)國(guó)家檢測(cè)檢驗(yàn)認(rèn)可資質(zhì)。建有全省唯一的BSL-3實(shí)驗(yàn)室、49個(gè)BSL-2實(shí)驗(yàn)室（其中10個(gè)為加強(qiáng)型BSL-2實(shí)驗(yàn)室）、省A級(jí)SPF動(dòng)物實(shí)驗(yàn)室、菌（毒）種保藏中心、國(guó)家級(jí)艾滋病確證實(shí)驗(yàn)室、WHO認(rèn)證的脊灰實(shí)驗(yàn)室、結(jié)核病參比實(shí)驗(yàn)室、淮河流域癌癥綜合防治項(xiàng)目實(shí)驗(yàn)室，以及“國(guó)家致病菌識(shí)別網(wǎng)”區(qū)域中心實(shí)驗(yàn)室等。

擁有河南省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室：河南省傳染病病原生物重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室；發(fā)改委傳染病分子醫(yī)學(xué)河南省工程實(shí)驗(yàn)室；省醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科6個(gè)（傳染病學(xué)、食品安全、醫(yī)學(xué)寄生蟲(chóng)學(xué)、慢性病流行病學(xué)、地方病學(xué)、艾滋病學(xué)）；省醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室5個(gè)（河南省艾滋病防治研究實(shí)驗(yàn)室、河南省結(jié)核病參比實(shí)驗(yàn)室、河南省病原微生物醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、河南省食品安全風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、河南省免疫預(yù)防醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）；省級(jí)創(chuàng)新型科技團(tuán)隊(duì)3個(gè)（新發(fā)傳染病預(yù)防控制優(yōu)秀科技創(chuàng)新型團(tuán)隊(duì)、艾滋病與結(jié)核病等重大傳染病綜合防治研究團(tuán)隊(duì)、河南省食品安全創(chuàng)新型科技團(tuán)隊(duì)），獲批省人力資源和社會(huì)保障廳博士后創(chuàng)新實(shí)踐基地。先后獲得國(guó)家級(jí)重大科研成果8項(xiàng)，省部級(jí)科技進(jìn)步獎(jiǎng)100余項(xiàng)?！跋麥缃z蟲(chóng)病研究”“新布尼亞病毒發(fā)現(xiàn)及其致發(fā)熱伴血小板綜合征預(yù)防控制”分別獲河南省科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)，填補(bǔ)了我省醫(yī)藥衛(wèi)生類(lèi)省科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)的空白。2014年以來(lái)，主持國(guó)家“十三五”科技重大專(zhuān)項(xiàng)1項(xiàng)，承擔(dān)國(guó)家科技重大專(zhuān)項(xiàng)11項(xiàng)；獲批國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目3項(xiàng)，省級(jí)項(xiàng)目71項(xiàng)，市廳級(jí)項(xiàng)目152項(xiàng)；獲批科研項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)2000多萬(wàn)；獲省級(jí)科技獎(jiǎng)20項(xiàng)，市廳級(jí)科技成果獎(jiǎng)45項(xiàng)；發(fā)表學(xué)術(shù)論文1031篇，其中SCI收錄86篇，單篇最高影響因子達(dá)到45.54。

2011年以來(lái)，已經(jīng)連續(xù)3屆蟬聯(lián)“全國(guó)文明單位”稱(chēng)號(hào)。2017年，在原國(guó)家衛(wèi)計(jì)委開(kāi)展的省級(jí)疾控中心規(guī)范化建設(shè)評(píng)比中，位列全國(guó)第八名。先后被人社部授予“抗震救災(zāi)英雄集體”、被原衛(wèi)生部授予“全國(guó)衛(wèi)生系統(tǒng)抗震救災(zāi)英雄集體”、被中組部授予“全國(guó)抗震救災(zāi)先進(jìn)基層黨組織”、被全國(guó)總工會(huì)授予“抗震救災(zāi)重建家園‘工人先鋒號(hào)’”，多年來(lái)多次被國(guó)家原國(guó)家衛(wèi)計(jì)委授予“衛(wèi)生應(yīng)急先進(jìn)集體”“全國(guó)疾病預(yù)防控制先進(jìn)集體”等榮譽(yù)稱(chēng)號(hào)。